На сайте Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки опубликован приказ № 2309 от 18.12.2025 г. о государственной аккредитации образовательной деятельности Донской духовной семинарии в отношении уровня высшего образования – магистратура по направлению подготовки 48.04.01 Теология. Решение было вынесено на основании заключения экспертной группы Рособрнадзора по результатам аккредитационной экспертизы, которая проводилась в семинарии с 8 по 17 декабря 2025 года. 

Экспертиза, включавшая в себя проверку документов и диагностическую работу студентов старшего курса магистратуры, показала соответствие содержания программы и качества подготовки обучающихся Федеральному государственному образовательному стандарту. Аккредитация даёт возможность выпускникам магистратуры Донской духовной школы, поступающим на обучение по направлению «Теология», получить дипломы о высшем образовании государственного образца.

В 2022 году началась работа по усовершенствованию магистерской программы «Государственно-конфессиональные отношения», с целью её адаптации к возникшей у духовенства и сотрудников епархиальных отделов потребности в получении как научно-теоретических, так и практических знаний об организации работы с верующими военнослужащими Вооруженных Сил Российской Федерации. 

Совместное обращение к Святейшему Патриарху председателя Синодального отдела по взаимодействию с Вооруженными Силами и правоохранительными органами митрополита Ставропольского и Невиномысского Кирилла, Главы Донской митрополии митрополита Ростовского и Новочеркасского Меркурия, председателя Учебного Комитета Русской Православной Церкви протоиерея Максима Козлова относительно реализации магистерской программы «Государственно-конфессиональные отношения» с дополнительным модулем дисциплин военно-пастырской направленности было обусловлено необходимостью повышения уровня профессиональной подготовки военного духовенства в современной обстановке.