История зарождения Николо-Матроновского храма неразрывно связана с инициативными прихожанами Покровского храма города Батайска и их глубокой верой в Бога, благодарностью Ему и Его святым.
При содействии мэра Валерия Васильевича Путилина в районе РДВС города Батайска был выделен участок земли, ранее необустроенный и принадлежавший Детско-юношеской спортивной школе. По благословению Высокопреосвященнейшего Пантелеимона, архиепископа Ростовского и Новочеркасского 6 апреля 2005 года состоялась закладка и освящение камня — основы будущего храма.
Далее начались кропотливые строительные работы. Первую сваю на основание храма забили в день памяти святой блаженной Матроны Московской – 2 мая 2007 г., а 6 октября 2008 г. освятили возведенный фундамент.
В 2009-м году на 10-ю годовщину канонизации св. Матроны Московской было завершено строительство нижнего храма. В 2010 г. было возведено двухэтажное здание для Воскресной школы и трапезной, а на подворье обустроена детская площадка.
В 2011 году указом архиепископа Ростовского и Новочеркасского Пантелеимона настоятелем строящегося Николо-Матроновского храма был назначен иерей Петр Удовенко.
23 мая 2015 г. в Николо-Матроновском храме был установлен главный шатер с куполом и крестом, который прежде освятил митрополит Ростовский и Новочеркасский Меркурий.
9 сентября 2016 года Глава Донской митрополии митрополит Ростовский и Новочеркасский Меркурий посетил с архипастырским визитом Николо-Матроновский храм г. Батайска. Его Высокопреосвященство совершил чин освящения надкупольных крестов строящегося храма.
В 2018 г. архитектурно-искусствоведческой комиссией Ростовской-на-Дону епархии под председательством Главы Донской митрополии митрополита Ростовского и Новочеркасского Меркурия был утверждён проект иконостаса для нижнего храма св. блж. Матроны Московской.
В 2019 г. был изготовлен и установлен иконостас в храме св. блж. Матроны Московской.
Указом митрополита Ростовского и Новочеркасского Меркурия настоятелем Николо-Матроновского храма г. Батайска и благочинным приходов Батайского округа назначен иерей Анатолий Просиченко.
В 2022 и 2023 годах велась разработка вариантов внутреннего убранства храма и концепций обустройства прилегающей территории.
На сегодняшний день Николо-Матроновский храм г. Батайска является строящимся храмом на стадии завершения строительства.
