Никольский храм был одним из двух действовавших православных храмов во время казацкого владения Азовом в 1637-1642 годах. При повторном взятии Азова русскими в 1696 году упоминаний о храме нет.
С начала XX века по 1920-е годы в домовладении протоиерея Николая Браиловского, на углу улицы Александровской и Мельничного переулка (впоследствии угол улицы Дзержинского и улицы Измайлова), действовал Никольский домовой храм из красного кирпича, куда был открыт доступ и обычным жителям города Азова. Церковь стояла в левом углу усадьбы, местоположение ее в позднейших архивных документах именовалась как "Площадь культа".
В 1993 году Митрополит Ростовский и Новочеркасский Владимир (Котляров) одобрил и благословил открытие в городе Азове прихода в честь Азовской иконы Божией Матери. Молитвенный дом православной общины был обустроен в 1994 году в здании бывшего летнего кинотеатра на улице Свердлова (ныне улица Григория Мирошниченко), в котором стали совершаться богослужения.
В 1998 году начато строительство основного храма Азовской иконы Божией Матери по улице Макаровского. В 2007 году, когда строительство было завершено, приход переехал на новое место, а в помещении, где он находился прежде, был сделан капитальный ремонт.
В 2009 году по благословению Митрополита Ростовского и Новочеркасского Пантелеимона (Долганова) отремонтированное здание было передано новообразованному приходу в честь Святителя Николая Чудотворца, настоятелем которого был назначен протоиерей Александр Мирошниченко.
18 июня 2012 года настоятелем Никольского прихода стал иерей Николай Рогожников.
