В 1833 году из города Ростова-на-Дону в село Новониколаевку было перенесено здание деревянной церкви Казанской иконы Божией Матери. Новониколаевская церковь была собрана и освящена в честь святителя Николая Чудотворца и просуществовала до 1891 г.
В 1891 году в селе на каменном фундаменте была сооружена новая кирпичная церковь.
Богослужения в Николаевской церкви продолжались до 1936 г., после чего храм был закрыт и в том же году снесен.
Богослужебная деятельность в молитвенном доме возобновились во время немецко-фашистской оккупации в 1942 г. Так как в 1936 году кирпичное здание храма было снесено, то богослужения проходили в здании бывшей церковной сторожки, построенной в 1895 г., в которой до войны работала сельская школа. Однако в 1954 году здание у общины было отобрано. В этом же году было решено передать здание вновь для школы, из-за отсутствия у школы помещения под учебные мастерские.
23 апреля 1955 г. община приобрела жилой дом у сельчанина И. П. Михайличенко и обустроила молитвенный дом, а 15 мая 1955 г. в нем было совершено первое богослужение.
31 мая 1962 г. советом по делам Русской Православной Церкви было принято решение о ликвидации православной общины в с. Новониколаевка.
В 1991 году Николаевская церковь с. Новониколаевки возобновила свою деятельность.
