Церковь в честь Иоанна Богослова была возведена в конце XIX века по проекту архитектора Н. Куликова на месте бывшего временного молитвенного дома.
В советский период храм был закрыт. Церковь продолжила свое существование до 1950–х гг., пока на комсомольском собрании не было принято решение закрыть ее в связи с тем, что «во время службы в церкви может возникнуть пожар», ведь рядом находился склад, где стояла колхозная техника. В 1959 году была сломана крыша храма; стены его власти собирались разобрать на кирпичи, но этого не произошло.
В 1960-е гг. из церкви сделали склад для зерна.
В постсоветский период здание пришло в упадок: стены начали разрушаться, отсутствовали кровля, пол, окна.
1 ноября 2014 года Глава Донской митрополии посетил храм св. апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Его Высокопреосвященство осмотрел храм и дал поручения зарегистрировать приходскую общину, произвести консервацию здания во избежание дальнейших разрушений, очистить внутреннюю часть храма и прилегающую территорию, а также наладить евхаристическую жизнь прихода.
30 июля 2023 года Глава Донской митрополии митрополит Ростовский и Новочеркасский Меркурий совершил первую за 64 года Божественную литургию под сводами храма в честь апостола и евангелиста Иоанна Богослова станицы Грушевской Аксайского района после его закрытия в 1959-м году.
