Каменная церковь в станице Мишкинской была воздвигнута в 1910 году, но в 1930-е годы была закрыта. После этого здание храма было адаптировано под сельский клуб, а затем использовалось в качестве зернохранилища. В 1970-е годы здание было разрушено, и на его месте был построен детский сад.
Возобновление деятельности прихода началось только в 2002 году. Первоначально богослужения проводились в подвальных помещениях Мишкинского Дома культуры. В 2009 году приходу было передано здание бывшего магазина на улице Просвещения, где были установлены иконостас и престол.
В 2019 году администрация Мишкинского сельского поселения выделила участок земли в центре станицы для строительства нового храма. Камень в основание будущего храма в честь Рождества Иоанна Предтечи был заложен 8 сентября 2019 года.
7 января 2020 года, в праздник Рождества Христова, была совершена первая Божественная литургия в новом храме.
Строительство было завершено в 2022 году, а в 2023 году митрополит Ростовский и Новочеркасский Меркурий совершил Великое освящение храма.
В настоящее время продолжаются работы по благоукрашению его территории.
