Письменных источников очень мало, но из них точно известно, что церковь Покровская находилась в ХХ веке на территории, ныне занимаемой МБОУ Лицей №10 г. Батайска.
Согласно страховым карточкам за 1911 год Екатеринославской епархии Покровская церковь с. Батайск была построена в 1910 году из жженного кирпича. Перед Великой Отечественной войной в 1938 году храм был разрушен и на его месте началось строительство школы. Затем, после войны, был открыт Покровский молитвенный дом на ул. Островского, 31, в неприспособленном помещении. В 1968 году Покровский молитвенный дом был подожжён в страстную пятницу и полностью сгорел.
Новый храм на месте сгоревшего дома строить не разрешили. На общественные средства приобрели другой участок земли с полуразрушенным домом, где в дальнейшем возвели храм.
Новый храм построили при отце Иоанне Дьячеке, в период с 1970 по 1973 год.
1971 год был «расцвет застоя», поэтому прихожане работали самоотверженно, в основном по ночам, так как власти разрешили возвести в высоту строение на одну треть от теперешнего.
В 1994 году при попечении настоятеля храма отца Владимира Удовенко построили звонницу.
В сентябре 1998 года были установлены центральные позолоченные купол и крест. Была устроена крытая галерея, веранда, трапезная, классы воскресной школы, служебные помещения, ограда. Благоустроено внутреннее убранство храма, написан художественный орнамент.
В 2023 г. был произведен капитальный ремонт помещения трапезной, а в 2024 г. начаты реставрационные работы по позолочению иконостаса.
