Каменная однопрестольная церковь была построена в 1900 г. на берегу Азовского моря. Церковь была закрыта и снесена в 1937 г.
Покровская церковь возобновила богослужебную деятельность во время немецко-фашистской оккупации в 1942 г.
Договор об аренде глинобитного саманного дома, крытого камышом, был подписан с исполкомом в октябре 1944 г.
7 ноября 1945 г. общине верующих было передано под молитвенный дом здание бывшей церковной сторожки, построенной в 1913 г. и до Великой Отечественной войны, занимаемой Порт-Катоновским отделением связи. После закрытия здание церкви было продано Финорганами колхозу им. Кагановича, а сторожка сельским советом была передана под почтовое отделение.
В октябре 1954 г. начальник Азовской конторы связи возбудил ходатайство о возвращении здания молитвенного дома Порт-Катоновскому отделению связи.
21 октября 1954 г. Азовский райсовет принял решение о возвращении здания молитвенного дома отделению связи, ссылаясь на то, что дом был передан общине по вине председателя Порт-Катонского с/совета и уполномоченного райисполкома, которые «не разобрались по существу». По неизвестной причине решение Азовского исполкома не было утверждено и Покровский молитвенный дом существовал до 1962 г.
24 января 1962 г. исполком Азовского райсовета вновь вынес решение об изъятии здания молитвенного дома у Покровской общины с. Порт-Катон. 13 февраля 1962 г. это решение утвердил Ростовский облисполком, поясняя, что здание молитвенного дома должно использоваться как библиотека, а «религиозное общество снято с регистрации как распавшееся и не действующее». Окончательное решение о ликвидации Покровского молитвенного дома было принято Советом по дела Русской Православной Церкви 17 марта 1962 г.
В 2007 году были приобретены иконы в иконостас.
В настоящее время богослужения совершаются в здании молитвенного дома.
