В 1894 году приговором крестьянского схода Стефанидинодарского сельского общества было принято решение о строительстве церкви в селе Стефанидинодар, согласно которому выделялось 33 десятины полевой земли и усадебные места для строительства храма и довольства причта.
В 1896 году был построен пятиглавый деревянный храм Рождества Пресвятой Богородицы.
В 1902 году первым настоятелем храма Рождества Пресвятой Богородицы был иерей Константин Иванович Духовской.
В 1934 году храм был разрушен, приходская община ликвидирована. В послевоенное время на месте разрушенного храма был возведен Поклонный крест в память о погибших в годы гонений и в годы Великой Отечественной войны казацкой общиной.
В 2011 году в основание новой церкви в честь Рождества Пресвятой Богородицы Глава Донской митрополии митрополит Ростовский и Новочеркасский Меркурий заложил камень.
За 4 года храм был возведен при активном участии атамана войска Донского Виктора Петровича Водолацкого и жителей села Стефанидинодар.
В 2021 году в храме были установлены колокола и обновлен иконостас.
На приходе действует библейский кружок, ведутся работы по формированию воскресной школы.
