В 1941 году в оккупированном городе поселился приехавший с Украины игумен Селафиил (фамилия неизвестна). Испросив благословение у Таганрогского епископа Иосифа (Чернова), он приобрел небольшой дом на Северном поселке, под номером 152 по первой Линии.
Богослужения в приспособленном помещении удалось начать после освобождения Таганрога в день Рождества Пресвятой Богородицы в 1943 году. Затем усилиями игумена и доброжелателей специально под церковь было сооружено небольшое простое здание, увенчанное крестом.
В 1953 году отец Селафиил стал жертвой доноса, но храм не закрылся и настоятели продолжали назначаться. Каждый последующий священник приукрашал церковное здание в меру своего таланта и умения. Со временем при церкви выросла небольшая колокольня, а сама церковь украсилась куполом.
В 2005 году на приходе образована детская воскресная школа. С 2006 года на приходе действует таганрогский медико-просветительский центр «Трезвение». В 2012 году приходом приобретен соседний участок земли и начато строительство нового здания воскресной школы площадью 600 кв.м. При храме действуют приходские молодежные организации: богословский клуб «Благовест» и православный дискуссионный клуб.
