4 июня 2012 года, в день Святого Духа, Глава Донской митрополии, митрополит Ростовский и Новочеркасский Меркурий совершил первую Божественную литургию в строящемся храме Святой Троицы г. Батайска. Владыке митрополиту сослужили настоятель Свято-Троицкого храма протоиерей Сергий Наливайко, наместник Свято-Донского Старочеркасского мужского монастыря игумен Макарий (Зеленков), секретарь Ростовского епархиального управления иеромонах Артемий (Кузьмин), духовенство Азовского благочиния.
В богослужении приняли участие мэр г. Батайска Валерий Путилин, представители Администрации г. Батайска, руководители предприятий и общественных организаций города. За Литургией молились и причастились Святых Христовых Тайн пациенты психо-неврологического интерната № 1 г. Ростова-на-Дону. Их участие в богослужении подготовлено сестрами милосердия сестричества святой блаженной Ксении Петербургской при Свято-Казанском храме г. Ростова-на-Дону.
По окончании богослужения митрополита Меркурия приветствовал настоятель Свято-Троицкого храма протоиерей Сергий Наливайко, поблагодаривший Его Высокопреосвященство за совершение первой Божественной литургии в храме, восстановленном на историческом месте основанного в 1854 году Свято-Троицкого прихода. В 1930-е годы храм был разрушен. В память о первом служении в новом храме протоиерей Сергий Наливайко преподнес в дар митрополиту образ Святой Троицы.
Затем Глава Донской митрополии обратился ко всем верующим с архипастырским словом, напомнив о смысле праздника Святой Троицы, который отмечается христианами как день основания Церкви Христовой: «В пятидесятый день по Воскресении Христовом ученики Спасителя, жены-мироносицы во главе с самой Пречистой Богоматерью, пребывающие в постоянной молитве в дни Святой Пятидесятницы, сподобились утешения и перестали быть группой единомышленников, но стали Святой Соборной и Апостольской Церковью – Телом Христовым, в котором Дух Святой доныне пребывает неотступно». Высокопреосвященнейший Меркурий также подчеркнул, что Господь изливает на каждого верующего Свою Божественную силу. Если человек прилагает к этому собственные силы и дарования, то для него открывается прекрасный мир Божий: «Дух Божий, пребывая на земле, изменяет людей в Церкви Божией, под сводами святого храма».